ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนกลาง (ศวทก.) ก่อตั้งขึ้นจากแบ่งส่วนราชการใหม่ ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 เมื่อวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2545 โดยศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนกลาง สังกัด สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

          ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนกลาง ได้เริ่มดำเนินการในพื้นที่ เมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2546 เดิมใช้อาคารพาณิชย์บริเวณหมู่ 8 ตำบลปากน้ำ อำเภอเมือง จังหวัดชุมพร เป็นที่ทำการชั่วคราว ต่อมาเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2548 ที่ทำการถาวรได้ก่อสร้างแล้วเสร็จจึงย้ายมาทำการที่ทำการถาวร เลขที่ 9 หมู่ 7 ตำบลนาทุ่ง อำเภอเมือง จังหวัดชุมพร และมีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2549