สถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศประจำประเทศไทย มีชื่อเป็นทางการว่า ศูนย์ฝึกอบรมสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศประจำประเทศไทย (International Ocean Institute Thailand Training Center : IOI – Thailand) ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศ (International Ocean Institute : IOI) องค์กรนี้เป็นองค์กรพัฒนาเอกชน (NGO) ที่ไม่แสวงหากำไร จัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2515 มีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ ณ มหาวิทยาลัยมอลตา ประเทศมอลตา มีวัตถุประสงค์เพื่อส่งเสริมการศึกษา การฝึกอบรมและการวิจัยเพื่อการพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งที่ยั่งยืน ส่งเสริมหลักการที่ให้ทะเลและมหาสมุทรเป็นสาธารณสมบัติของมนุษยชาติโดยเท่าเทียมกัน (Common Heritage of Mankind) ตามที่กำหนดในอนุสัญญาแห่งสหประชาชาติว่าด้วยกฎหมายทะเล (United Nations Convention on the Law of the Sea - UNCLOS) และเสริมสร้างสันติภาพในการใช้ประโยชน์ทางทะเล การบริหารจัดการ และการอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเล โดยดำเนินการผ่านศูนย์ฝึกอบรมซึ่งตั้งอยู่ที่ประเทศบราซิล แคนาดา จีน มอลตา แอฟริกา และไทย

          ศูนย์ฝึกอบรมสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศประจำประเทศไทย จัดตั้งขึ้นในประเทศไทยเมื่อปี พ.ศ. 2543 โดยอยู่ภายใต้สำนักงานคณะกรรมการนโยบายและการฟื้นฟูทะเลไทย (ดร. เชิดศักดิ์ วีระพัฒน์ เป็นผู้อำนวยการสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศประจำประเทศไทยคนแรก) และต่อมาย้ายไปอยู่ภายใต้ศูนย์เตือนภัยพิบัติแห่งชาติ ในระหว่างปี 2547 - 2552 และย้ายมาอยู่ภายใต้มูลนิธิสภาเตือนภัยพิบัติแห่งชาติ โดยสิ้นสุดลงในเดือนธันวาคม 2563 เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2565 กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง และ สถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศ ได้ร่วมกันลงนามบันทึกความเข้าใจระหว่างกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง และสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศ เรื่อง การจัดตั้งศูนย์ฝึกอบรมเพื่อดำเนินโครงการฝึกอบรมและความร่วมมือด้านธรรมาภิบาลมหาสมุทร ในทะเลเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และมหาสมุทรอินเดีย ปัจจุบันสถาบันมหาสมุทรระหว่างประเทศประจำประเทศไทยจึงอยู่ภายใต้การดำเนินงานของกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม