ปลาที่จำแนกตามลักษณะการอยู่อาศัย สามารถแบ่งได้ 4 กลุ่มย่อย
     1. ปลาที่ว่ายหากินอยู่ในมวลน้ำ (Pelagic fish) ส่วนมากมักจะเป็นปลาที่กินแพลงก์ตอน หรือกินปลาเป็นอาหาร ปลาที่สำคัญได้แก่ ปลากล้วย (Caesionidae) ปลาสีกุน (Carangidae) พบปลาที่จัดอยู่ในกลุ่มนี้จำนวน 19 ชนิด คิดเป็น 15.20% ของชนิดปลาที่พบทั้งหมด

     2. ปลาที่ว่ายหากินในแนวปะการัง (Reef associated fish) ได้แก่ปลาที่กินปลาและสัตว์ทะเลขนาดเล็ก เป็นกลุ่มที่มีสมาชิกมากที่สุด ปลากลุ่มสำคัญได้แก่ ปลาผีเสื้อ (Chaetodontidae) ปลานกขุนทอง (Labridae) ปลากะพง (Lutjanidae) ปลาสลิดหิน (Pomacentridae) ปลานกแก้ว (Scaridae) ปลาเก๋า (Serranidae) และปลาสลิดทะเล (Siganidae) กลุ่มนี้มี 86 ชนิด คิดเป็น 68.80% ของชนิดปลาที่พบทั้งหมด

     3. ปลาที่หลบซ่อนอยู่ตามซอกหลืบ (Cryptic species) ปลาที่สำคัญในกลุ่มนี้ได้แก่ ปลาอมไข่ (Apogonidae) ปลาไหลมอเรย์ (Muraenidae) พบปลาที่จัดอยู่ในกลุ่มนี้จำนวน 11 ชนิด คิดเป็น 8.80% ของชนิดปลาที่พบทั้งหมด

     4. ปลาที่หากินอยู่บริเวณพื้นทรายรอบๆแนวปะการัง (Benthic fish) ได้แก่ ปลาแพะ (Mullidae) ปลาทรายขาว (Nemipteridae) พบปลาที่จัดอยู่ในกลุ่มนี้จำนวน 8 ชนิด คิดเป็น 6.40% ของชนิดปลาที่พบทั้งหมด