ในปีงบประมาณ 2564 ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนล่าง ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนล่าง พื้นที่ 3 จังหวัด ได้แก่ จังหวัดสงขลา ปัตตานี และนราธิวาส  จำนวนทั้งสิ้น 31 สถานี (ชายฝั่ง 500 เมตร และห่างฝั่ง 3 กิโลเมตร) เป็นประจำทุก 3 เดือน    ในเดือนธันวาคม 2563 มีนาคม มิถุนายน และสิงหาคม 2564 ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำทะเล ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง สารแขวนลอยในน้ำทะเล ปริมาณออกซิเจนละลายในน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตรท์-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรียกลุ่มโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำทะเล

          ประเมินจากค่าดัชนีคุณภาพน้ำทะเล (Marine Water Quality Index, MWQI) โดยคำนวณจากค่าคุณภาพน้ำ 8 ปัจจัย ได้แก่  ความเป็นกรด-ด่าง ออกซิเจนละลายน้ำ อุณหภูมิ  สารแขวนลอยทั้งหมด แบคทีเรียกลุ่มโคลิฟอร์มทั้งหมด ปริมาณสารอาหารไนเตรท ฟอสเฟต และแอมโมเนีย นำค่าข้อมูลคำนวณหาค่าดัชนีคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง (Marine Water Quality Index) เพื่อเป็นตัวบ่งบอกถึงสถานภาพของคุณภาพน้ำ 5 ระดับคือ   ดีมาก ดี  พอใช้  เสื่อมโทรม เสื่อมโทรมมาก