ศูนย์วิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนล่าง ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนล่าง พื้นที่จังหวัดนครศรีธรรมราช สงขลา ปัตตานี และนราธิวาส  จำนวนทั้งสิ้น 50 สถานี (ชายฝั่ง และห่างฝั่ง 3 กิโลเมตร) เป็นประจำทุก 3 เดือน ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำทะเล ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง สารแขวนลอยในน้ำทะเล ปริมาณออกซิเจนละลายในน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรีย   โคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำทะเล

          นำค่าคุณภาพน้ำทั้งหมด 8 พารามิเตอร์ ได้แก่ ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ออกซิเจนละลายน้ำ อุณหภูมิ สารแขวนลอยทั้งหมด ไนเตรท-ไนโตรเจน ฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส และแบคทีเรียกลุ่มโคลิฟอร์มทั้งหมด นำข้อมูลคุณภาพน้ำคำนวณหาค่าดัชนีคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง (Marine Water Quality Index) เพื่อเป็นตัวบ่งบอกถึงสถานภาพของคุณภาพน้ำ 5 ระดับคือ  ดีมาก ดี  พอใช้  เสื่อมโทรม เสื่อมโทรมมาก