1.ดำเนินการเกี่ยวกับการอนุรักษ์ การฟื้นฟู การส่งเสริม การพัฒนา และการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งในระดับพื้นที่

2.กำกับ ดูแล ติดตาม และตรวจสอบการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง และการป้องกัน และแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

3.จัดทำและเสนอนโยบาย แผนยุทธศาสตร์ แผนการปฏิบัติงาน และประสานการบูรณาการแผนการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งในระดับพื้นที่
4.ศึกษา วิเคราะห์ และพัฒนางานด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟู และบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติการในระดับพื้นที่

5.สำรวจ ประเมิน และรายงานสถานการณ์ทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง และการกัดเซาะชายฝั่งในระดับพื้นที่

6.ให้คำปรึกษา แนะนำ และบริการข้อมูลทางวิชาการในการบริหารจัดการ การปลูก การบำรุงรักษา การอนุรักษ์ การฟื้นฟู และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งแก่ประชาชน และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

7.สนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชน ชุมชน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟู และบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

8.เป็นฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการทัพยากรทางทะเลและชายฝั่งจังหวัดและสนับสนุนการดำเนินงานที่เกี่ยวข้อง

9.ปฏิบัติงานอื่นตามที่อธิบดีมอบหมาย

โดยแบ่งหน่วยงานภายในออกเป็น 5 ส่วน ประกอบด้วย

ส่วนบริหารทั่วไป มีหน้าที่ดังนี้

1.ตรวจสอบ ควบคุม กำกับ งานอำนวยการ งานสารบรรณ งานแผนงาน งานงบประมาณ งานการเงินและบัญชี งานพัสดุ งานบุคลากรงานประชาสัมพันธ์ งานระบบสารสนเทศ งานการประชุมและงานธุรการทั่วไปของหน่วยงาน

2.ควบคุมการใช้ การดูแล และบำรุงรักษายานพาหนะและสถานที่ของหน่วยงาน

3.วางแผน พัฒนา ติดตาม ตรวจสอบ และรวบรวมข้อมูลตามแผนงานและงบประมาณของหน่วยงาน

4.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ผู้อำนวยการสำนักงานมอบหมาย

ส่วนอนุรักษ์ทรัพยากรป่าชายเลน มีหน้าที่ดังนี้

1.ดำเนินการเกี่ยวกับการอนุรักษ์ การฟื้นฟู การส่งเสริม การพัฒนา และการบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และพรุชายฝั่งในระดับพื้นที่

2.กำกับ ดูแล ติดตาม และตรวจสอบการบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และพรุชายฝั่งให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

3.จัดทำ และเสนอนโยบาย แผนยุทธศาสตร์ แผนปฏิบัติงาน และประสานการบูรณาการแผนการบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และพรุชายฝั่งในระดับพื้นที่

4.ศึกษา วิเคราะห์ และพัฒนางานด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟู และบริหารจัดการทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และพรุชายฝั่งเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติการในระดับพื้นที่

5.สำรวจ ประเมิน และรายงานสถานการณ์ทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และป่าพรุชายฝั่งในระดับพื้นที่

6.ให้คำปรึกษา แนะนำ และบริการข้อมูลทางวิชาการในการบริหารจัดการ การปลูก การบำรุงรักษา การอนุรักษ์ การฟื้นฟู และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรป่าชายเลน ป่าชายหาด และพรุชายฝั่งแก่ประชาชน และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

7.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ผู้อำนวยการสำนักงานมอบหมาย

ส่วนอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเล มีหน้าที่ดังนี้

1.ดำเนินการเกี่ยวกับการอนุรักษ์ การฟื้นฟู การส่งเสริม การพัฒนา และการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลในระดับพื้นที่

2.กำกับ ดูแล และตรวจสอบการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

3.จัดทำและเสนอนโยบาย แผนยุทธศาสตร์ แผนปฏิบัติงาน และประสานการบูรณาการ แผนการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเล พื้นที่คุ้มครองทรัพยากรทางทะเล รวมทั้งพื้นที่เกาะในระดับพื้นที่

4.ศึกษา วิเคราะห์ และพัฒนางานด้านการอนุรักษ์ ฟื้นฟู และบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติการในระดับพื้นที่

5.สำรวจ ประเมิน และรายงานสถานการณ์ทรัพยากรทางทะเลในระดับพื้นที่

6.ให้คำปรึกษา แนะนำ และบริการข้อมูลทางวิชาการในการบริหารจัดการ การปลูก การบำรุงรักษา การอนุรักษ์ การฟื้นฟู และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรทางทะเลแก่ประชาชน และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

7.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ผู้อำนวยการสำนักงานมอบหมาย

ส่วนอนุรักษ์ทรัพยากรชายฝั่ง มีหน้าที่ดังนี้

1.ดำเนินการเกี่ยวกับการอนุรักษ์ การฟื้นฟู การส่งเสริม การพัฒนา และการบริหารจัดการพื้นที่ชายฝั่งและการป้องกันและแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งในระดับพื้นที่

2.กำกับ ดูแล ติดตาม และตรวจสอบการบริหารจัดการพื้นที่ชายฝั่ง และการป้องกันและแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

3.จัดทำและเสนอนโยบาย แผนยุทธศาสตร์ แผนการปฏิบัติงาน และประสานการบูรณาการแผนการบริหารจัดการพื้นที่ชายฝั่ง และการป้องกันและแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งในระดับพื้นที่

4.ศึกษา วิเคราะห์ และพัฒนางานด้านการบริหารจัดการพื้นที่ชายฝั่ง และการป้องกันและแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งเพื่อสนับสนุนการปฏิบัติการในระดับพื้นที่

5.สำรวจ ประเมิน และรายงานสถานการณ์พื้นที่ชายฝั่ง และการกัดเซาะชายฝั่งในระดับพื้นที่

6.ให้คำปรึกษา แนะนำ และบริการข้อมูลทางวิชาการในการบริการจัดการพื้นที่ชายฝั่ง และการป้องกันและแก้ไขปัญหาเกี่ยวกับการกัดเซาะชายฝั่งแก่ประชาชน และหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

7.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ผู้อำนวยการสำนักงานมอบหมาย

ส่วนส่งเสริมและประสานงานเครือข่ายทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง มีหน้าที่ดังนี้

1.เสนอแนะนโยบายและแนวทางในการส่งเสริมการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

2.จัดทำฐานข้อมูลชุมชน และเครือข่ายเพื่อการส่งเสริมการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

3.ศึกษา วิเคราะห์ และจัดการความรู้ สำหรับส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

4.สนับสนุนการมีส่วนร่วมของประชาชน ชุมชน และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ในการแสดงความคิดเห็นเพื่อประกอบการพิจารณาจัดทำนโยบายและแผนการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งแห่งชาติ และจังหวัด

5.ให้คำปรึกษา ถ่ายทอดความรู้เทคโนโลยี แก่ประชาชน ชุมชนและองค์การปกครองส่วนท้องถิ่นในการบริหารจัดการ การปลูก การบำรุงรักษา การอนุรักษ์ การฟื้นฟู และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง รวมทั้งช่วยเหลือและสนับสนุนการดำเนินโครงการ หรือกิจกรรมในเรื่องดังกล่าว

6.เผยแพร่ความรู้หรือข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับการบริหารจัดการ การปลุก การบำรุงรักษา การอนุรักษ์ การฟื้นฟู และการใช้ประโยชน์จากทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
7.ส่งเสริมและสนับสนุนการปฏิบัติงานของทุกภาคส่วนของสังคม ในด้านการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง จะต้องคำนึงถึงความรับผิดชอบต่อสังคมและความเป็นอยู่ที่ดีของประชาชน รวมทั้งสนับสนุน เสริมสร้าง พัฒนา และสร้างความเข้มแข็งให้แก่สังคมและชุมชน

8.ทำหน้าที่ฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งจังหวัดและสนับสนุนการดำเนินงานที่เกี่ยวข้อง

9.ปฏิบัติงานอื่นตามที่ผู้อำนวยการสำนักงานมอบหมาย