เมื่อวันที่ 18 พฤศจิกายน 2539 สถาบันวิจัยชีววิทยาและประมงทะเล โอนจากกรมประมงมาสังกัดกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวงกรม พ.ศ. 2545 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง พ.ศ. 2545 กำหนดเป็นสถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เมื่อวันที่ 9 ตุลาคม 2545 สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเล ชายฝั่งทะเล และป่าชายเลน เดิมชื่อศูนย์ชีววิทยาทางทะเล ภูเก็ต สังกัดกรมประมงกระทรวงเกษตรและสหกรณ์จัดตั้งขึ้นตามข้อตกลงความร่วมมือทางวิชาการสาขาชีววิทยาทางทะเลระหว่างรัฐบาลเดนมาร์กและรัฐบาลไทย เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2511 ได้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 15 พฤษภาคม 2515 ซึ่งรัฐบาลเดนมาร์กได้พิจารณาให้ความช่วยเหลือด้านงบประมาณและบุคคลากรตั้งแต่เริ่มก่อตั้งในระยะแรกจนถึงวันที่ 1 ธันวาคม 2526 และระยะที่สองตั้งแต่ปี พ.ศ.2539-2543 และได้รับการยกฐานะตามพระราชกฤษฎีกาการแบ่งส่วนราชการของกรมประมง
           
เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2547 กฎกระทรวง(ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2547 การแบ่งส่วนราชการกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งใหม่ ให้ยกเลิกและเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเล ชายฝั่งทะเล และป่าชายเลน” และตามคำสั่งการจัดโครงสร้างภายใน และกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบในกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2562 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง" จนถึงปัจจุบัน

สถาบันวิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
ตั้งอยู่เลขที่ 120 หมู่ที่ 3 ชั้น 6 อาคารรัฐประศาสนภักดีศูนย์ราชการ เฉลิมพระเกียรติ 80 พรรษา 5 ธันวาคม 2550
ถนนแจ้งวัฒนะ แขวงทุ่งสองห้อง เขตหลักสี่ กรุงเทพ 10210 โทร 0-2141-1382 แฟกซ์ 0-2143-9260