ส่วนกลาง
- ส่วนบริหารทั่วไป (สบท.)
- ส่วนแผนงานวิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง (สผท.)
- ส่วนวิชาการและการศึกษาวิจัยระหว่างประเทศ (สวจ.)
- ส่วนความหลากหลายทางชีวภาพ (สลช.)
ส่วนภูมิภาค
พิพิธภัณฑ์และศูนย์เรียนรู้
- สถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำภูเก็ต : Phuket Aquarium
- พิพิธภัณฑ์สัตว์และพืชทะเล
- ศูนย์เรียนรู้ธรรมชาติวิทยาพืชและสัตว์ทะเลฝั่งอ่าวไทย จังหวัดระยอง
- ศูนย์เรียนรู้ธรรมชาติวิทยาพืชและสัตว์ทะเลฝั่งอ่าวไทย จังหวัดสมุทรสาคร
- ศูนย์เรียนรู้ธรรมชาติวิทยาพืชและสัตว์ทะเลฝั่งอ่าวไทย จังหวัดชุมพร
- ศูนย์เรียนรู้ธรรมชาติวิทยาพืชและสัตว์ทะเลฝั่งอ่าวไทย จังหวัดสงขลา
- ศูนย์เรียนรู้ธรรมชาติวิทยาพืชและสัตว์ทะเลฝั่งอันดามัน จังหวัดภูเก็ต