ตระหนักว่าการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในอดีตที่ผ่านมา ยังไม่มีเอกภาพ ขาดการบูรณาการ และไม่มีหน่วยงานที่รับผิดชอบโดยตรง หรือมีหน่วยงานที่ทำหน้าที่เป็นเจ้าภาพ จึงได้มีการปฏิรูประบบราชการและมีพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 กำหนด ให้กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มีหน้าที่เกี่ยวกับการอนุรักษ์ และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และรวมทั้งการจัดการใช้ ประโยชน์อย่างยั่งยืน ประกาศในราชกิจจานุเบกษา หน้า 14 เล่ม 119 ตอนที่ 99 ก เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม 2545 หมวด 9 มาตรา 22 และ 23 จัดตั้งหน่วยงานภายใต้กระทรวงอีก 10 หน่วยงาน โดยมีกรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง (ทช.) อยู่ในลำดับที่ 4 เป็นการรวมงานที่เกี่ยวข้องในด้านทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง จากกรมประมง กรมป่าไม้ และกรมพัฒนาที่ดิน ในกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ มาอยู่ภายใต้กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (ทส.) มีภารกิจในการอนุรักษ์ ฟื้นฟู บริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง โดยเฉพาะพื้นที่ดินชายทะเล ป่าชายเลน แนวปะการัง หญ้าทะเล และสัตว์ทะเล ทั้งนี้เพื่อให้เกิดความสมดุลและเสริมสร้างความมั่นคงทางสังคมและเศรษฐกิจของประเทศอย่างยั่งยืน