ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนบนฝั่งตะวันตก ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนบนฝั่งตะวันตก ครอบคลุมชายฝั่งทะเล จังหวัดสมุทรสาครถึงจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ จำนวนทั้งสิ้น 32 สถานี รวม 4 ครั้ง ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำ ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง ตะกอนแขวนลอยในน้ำ ออกซิเจนละลายน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำ ผลการติดตามตรวจสอบฯ ประจำปี 2564 (ตั้งแต่เดือนตุลาคม 2563 – กันยายน 2564) พบว่า สถานะคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งอ่าวไทยตอนบนฝั่งตะวันตก (จังหวัดสมุทรสาคร ถึง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์) ส่วนใหญ่คุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งอยู่ในสถานะดี รองลงมาเป็นสถานะพอใช้ ซึ่งพื้นที่ที่ควรเฝ้าระวัง คือ คลองช่อง จังหวัดสมุทรสงคราม เนื่องจากพบสถานะคุณภาพน้ำทะเลเสื่อมโทรมมาก รองลงมาคือ ปากแม่น้ำท่าจีนเนื่องจากพบสถานะคุณภาพน้ำทะเลเสื่อมโทรม ปัจจัยที่ทำให้คุณภาพน้ำเสื่อมโทรมนี้มาจากปัจจัยออกซิเจนละลายน้ำที่ลดลง การปนเปื้อนของแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำ และปริมาณสารอาหารบางชนิด