ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนบน ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนบน ครอบคลุมชายฝั่งทะเลจังหวัดฉะเชิงเทรา ถึง จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ จำนวนทั้งสิ้น 44 สถานี ปีละ 2 ครั้ง (ฤดูแล้งและฤดูฝน) ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำ ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง ตะกอนแขวนลอยในน้ำ ออกซิเจนละลายน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำ
     ผลการติดตามตรวจสอบฯ ประจำปี 2566 รวมจำนวน 44 สถานี พบว่าค่าเฉลี่ยสถานะคุณภาพน้ำทะเลพื้นที่อ่าวไทยตอนบน โดยรวมมีค่าเฉลี่ยสถานะคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งอยู่ในสถานะพอใช้ รองลงมาเป็นสถานะดี โดยพื้นที่ที่ควรมีการติดตามเฝ้าระวังเนื่องจากพบค่าเฉลี่ยสถานะเสื่อมโทรมมาก และเสื่อมโทรม ได้แก่ ปากแม่น้ำเจ้าพระยา ชายฝั่งคลองด่าน และคลองตำหรุ จังหวัดสมุทรปราการ ปัจจัยที่ทำให้คุณภาพน้ำเสื่อมโทรมมากนี้ มาจากปัจจัยออกซิเจนละลายน้ำที่ลดลง การปนเปื้อนของแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำและปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท ไนเตรท แอมโมเนีย ฟอสเฟต)