ศูนย์วิจัยทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนบน ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนบน ครอบคลุมชายฝั่งทะเลจังหวัดฉะเชิงเทรา ถึง จังหวัดเพชรบุรี จำนวนทั้งสิ้น 32 สถานี ปีละ 2 ครั้ง (ฤดูแล้งและฤดูฝน) ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำ ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง ตะกอนแขวนลอยในน้ำ ออกซิเจนละลายน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำ ผลการติดตามตรวจสอบฯ ประจำปี 2568 ในฤดูแล้ง (เดือนมกราคม 2568) พบว่า สถานะคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งอ่าวไทยตอนบน โดยรวมสถานะคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งอยู่ในสถานะพอใช้ รองลงมาเป็นสถานะดี  โดยพื้นที่ที่ควรมีการติดตามเฝ้าระวังเนื่องจากพบค่าเฉลี่ยสถานะเสื่อมโทรม คือสถานีปากแม่น้ำเจ้าพระยา จังหวัดสมุทรปราการ สถานีปากแม่น้ำท่าจีน จังหวัดสมุทรสาคร และสถานีชายฝั่งทะเลคลองช่อง จังหวัดสมุทรสงคราม มาจากปัจจัย การปนเปื้อนของแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำ และปริมาณสารอาหาร (ไนเตรท ฟอสเฟต)