ศูนย์วิจัยและพัฒนาทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่งอ่าวไทยตอนบน ดำเนินการติดตามตรวจสอบคุณภาพน้ำทะเลอ่าวไทยตอนบน จำนวนทั้งสิ้น 32 สถานี เป็นประจำทุก 2 เดือน ประกอบด้วย 12 ปัจจัย ได้แก่ อุณหภูมิน้ำทะเล ความเค็ม ความเป็นกรด-ด่าง ความโปร่งแสง ตะกอนแขวนลอยในน้ำทะเล ปริมาณออกซิเจนละลายในน้ำ ปริมาณสารอาหาร (ไนไตร์ท-ไนโตรเจน ไนเตรท-ไนโตรเจน แอมโมเนีย-ไนโตรเจน และฟอสเฟต-ฟอสฟอรัส) รวมทั้งคลอโรฟิลล์ เอ และแบคทีเรียโคลิฟอร์มทั้งหมดในน้ำทะเล